Program Studi S2 Teknik Mesin UGM dipimpin oleh Penanggung Jawab yaitu Dekan Fakultas Teknik UGM, Wakil Penanggung Jawab yang dijabat oleh Ketua Departemen Teknik Mesin dan Industri FT-UGM yang membawahi Pengelola (Ketua Prodi) dan Wakil Pengelola (Sekretaris Prodi), dan dua tenaga administrasi dan satu pembantu umum. Secara operasional akademik dan administrasi pengelola bertanggung jawab kepada Dekan FT-UGM. Pegelola Program Pascasarjana Fakultas adalah pelaksana tugas-tugas Dekan. Oleh karena Program Studi S2 Teknik Mesin merupakan salah satu program studi di Departemen Teknik Mesin dan Industri FT-UGM maka pengembangannya ada dalam lingkup jurusan, baik pengembangan bidang akademik, sarana dan prasarana, dan pengembangan staf dosennya.
Struktur organisasi
Penanggung Jawab Dekan Fakultas Teknik UGM
Wakil Penanggung Jawab Ketua DTMI FT-UGM
Ketua Program Studi Muslim Mahardika, S.T., M.Eng., Ph.D.
Staf Administrasi Keuangan Cahyo Budi Utomo, S.E.
Staf Administrasi Akademik dan Kemahasiswaan Andhes Puspitalina, S.Hut.
Staf Pembantu Umum Waluyo
Secara tegas tugas pokok Pengelola Program Studi S2 Teknik Mesin DTMI FT-UGM adalah memimpin penyelenggaraan pendidikan, riset dan pengabdian masyarakat secara efisien, produktif dan berkualitas agar dapat menghasilkan lulusan yang memiliki kompetensi tinggi dalam bidang ilmu Teknik Mesin. Secara khusus pengelola bertanggung jawab terhadap masalah keuangan, hubungan kerjasama dengan instansi luar, dan juga penyelanggaraan Program S2. Wakil Pengelola bertanggung jawab terhadap penyelenggaraan kuliah, ujian tengah/akhir semester, dan pemanfaatan sarana dan prasarana. Staf Administrasi berfungsi untuk membantu pelaksanaan secara teknis terhadap program-program yang dirancang untuk memperlancar proses kegiatan belajar mengajar di program studi.